Η Μαργαρίτα Μεταξά έλαβε το πτυχίο Φυσικής και το διδακτορικό δίπλωμά της στην Αστροφυσική από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Εργάζεται ως καθηγήτρια Μέσης Εκπαίδευσης στο Αρσάκειο από το 1987. Είναι συνεργάτης του Εθνικού Αστεροσκοπείου Αθηνών από το 1997 σε θέματα Εκπαίδευσης, με κύρια δραστηριότητα την οργάνωση του «Θερινού Σχολείου Αστροφυσικής» του Αστεροσκοπείου το οποίο απευθύνεται σε μαθητές Μέσης Εκπαίδευσης της Αττικής.

Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα σχετίζονται με την διδακτική της αστρονομίας και έχει περισσότερες από 40 δημοσιεύσεις πάνω σε αυτό το θέμα. Ήταν η Ελληνίδα συντονίστρια σε 8 διεθνή προγράμματα αστρονομίας που διεξήχθησαν από διάφορους ευρωπαϊκούς και διεθνείς οργανισμούς, ανάμεσά στους οποίους βρίσκονται το Υπουργείο Παιδείας, η ESO, και η UNESCO. Από το 2000 είναι μέλος της Διεθνούς Αστρονομικής Ένωσης και πιο συγκεκριμένα της Επιτροπής C1, σε θέματα Εκπαίδευσης, καθώς και της Επιτροπής B7, σε θέματα Φωτορρύπανσης.