Ο Γιάννης Κοντογιάννης έλαβε πτυχίο Φυσικής, Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στην Αστροφυσική και Διδακτορικό στις Φυσικές Επιστήμες (Ηλιακή Φυσική) από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών.

Η ερευνητική του δραστηριότητα επικεντρώνεται στη Φυσική του Ήλιου, με έμφαση στη δυναμική της ηλιακής ατμόσφαιρας και των σχηματισμών του ήρεμου Ήλιου, στη μελέτη των ενεργών περιοχών και στην πρόγνωση των ηλιακών εκλάμψεων και των εκτινάξεων στεμματικής μάζας.

Έχει εργαστεί ως μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Εθνικό Αστεροσκοπείο Αθηνών στο πλαίσιο του προγράμματος ΚΡΗΠΙΣ ΙΙ (2014–2015) και στο Κέντρο Έρευνας Αστρονομίας και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών της Ακαδημίας Αθηνών στο ευρωπαϊκό πρόγραμμα FLARECAST (2015–2017). Από το 2018 ως το 2024 εργάστηκε ως μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Leibniz Institute for Astrophysics Potsdam (AIP), στο Πότσδαμ της Γερμανίας. Εκεί συμμετείχε στο διακρατικό ερευνητικό πρόγραμμα «Quiet Sun magnetic fields and Newly Emerging Flux – Dynamics, Energetics and Upper Atmospheric Response», μεταξύ Γερμανίας και Τσεχίας και υπήρξε PI (Principal Investigator) των ερευνητικών προγραμμάτων «The Evolution of Solar Active Regions toward Flares and Coronal Mass Ejections and the Role of Electric Currents» και «Detection and Dynamics of Small Solar Vortices», τα οποία χρηματοδοτήθηκαν από τους οργανισμούς DFG και DAAD της Γερμανίας, αντίστοιχα. Παράλληλα, συμμετείχε σε διεθνείς παρατηρησιακές εκστρατείες στα τηλεσκόπια VTT και GREGOR, στην Τενερίφη της Ισπανίας, ως PI, Co-I, και Support Astronomer, ενώ το 2023 έλαβε χρηματοδότηση από το πρόγραμμα Solarnet H2020 για παρατηρήσεις από το ηλιακό τηλεσκόπιο SST, στη Λα Πάλμα της Ισπανίας. Από το 2021 ως το 2023 δίδαξε τα μεταπτυχιακά μαθήματα Solar Physics, Solar-Terrestrial Relations και Digital Image Processing στο Πανεπιστήμιο του Πότσδαμ και επέβλεψε μια προπτυχιακή διπλωματική εργασία.

Από το 2024 ως το 2026 ήταν μεταδιδακτορικός ερευνητής στο ETH Zurich, στη Ζυρίχη και στο ινστιτούτο IRSOL στο Λοκάρνο, στην Ελβετία, όπου εργάστηκε στην ανάλυση παρατηρήσεων της αποστολής Solar Orbiter, συμμετείχε σε δράσεις διάχυσης και επέβλεψε μια προπτυχιακή εργασία.

Είναι μέλος της Διεθνούς Αστρονομικής Ένωσης (IAU), της European Physical Society (EPS) και της Ελληνικής Αστρονομικής Εταιρείας. Είναι εκλεγμένο μέλος του συμβουλίου του European Solar Physics Division (2021 – 2024 και 2024-2027) όπου εκτελεί χρέη Press Officer. Είναι επικεφαλής της ομάδας εργασίας Operational activities, infrastructure, data, and models (OAIDM) του European Space Weather and Space Climate Association (E-SWAN).

Παράλληλα με την ερευνητική του δραστηριότητα, ασχολείται συστηματικά με την επικοινωνία της επιστήμης. Από το 2007 ως το 2015 εργάστηκε ως επιστημονικός συνεργάτης στη Διαδραστική Έκθεση Επιστήμης και Τεχνολογίας του Ιδρύματος Ευγενίδου, όπου συμμετείχε στον σχεδιασμό και την υλοποίηση παρουσιάσεων, πειραμάτων και εκπαιδευτικών δράσεων για μαθητές και ευρύ κοινό, για φεστιβάλ επιστήμης και τηλεοπτικές εκπομπές. Από το 2016 ως το 2018 ήταν εισηγητής εκπαιδευτικών προγραμμάτων στο Ίδρυμα Αικατερίνης Λασκαρίδη. Από το 2016 ως το 2024 ήταν μέλος της συντακτικής ομάδας του ενθέτου «Πρίσμα» για την επιστήμη, την τεχνολογία και την κοινωνία, έχοντας συγγράψει δεκάδες άρθρα διάχυσης της επιστήμης.